Face à la complexité et l’incertitude inhérente à de nombreux processus biologiques, la modélisation informatique et les simulations sont devenues des approches omniprésentes en écologie. On propose dans cette UE d’illustrer la puissance et la pertinence de cet outil informatique pour développer des théories et les tester, ou, dans des contextes plus appliqués, pour aider à la gestion des populations, de la biodiversité et à la prévision des risques. En se focalisant sur 5 problématiques phares en écologie (écologie des communautés, écologie du comportement, éco-toxicologie, réponse aux changements climatiques et génomique fonctionnelle), l’objectif de l’UE est d’initier les étudiants à la modélisation et à l’analyse des problèmes biologiques en faisant appel à un formalisme non pas mathématique mais informatique. Une introduction générale à l’UE fournira quelques éléments de base de programmation. Pour chaque problématique biologique, on présentera le cadre théorique de l’approche et les étapes clefs de la construction du modèle (algorithme, définition de paramètres, variables, contraintes et fonctions du modèle). Sur la base de programmes fidèles aux modèles proposés et fournis à l’étudiant, il mettra en place des expériences de simulations pour traiter la problématique et pourra si besoin enrichir le programme en l’alimentant avec les ingrédients qu’il juge nécessaire. Outre le développement du modèle, un aspect crucial de l’utilisation de l’informatique en écologie réside l’analyse des résultats de simulations. Un TD sera mis en place pour synthétiser et discuter les résultats obtenus dans le cadre de la problématique.
La place de l’outil informatique et des simulations en écologie ne cesse de croitre et la maitrise de cet outil pour comprendre le fonctionnement des systèmes, tester des scénarios et proposer des solutions de gestion constitue un atout indéniable.
