L’analyse d’images de microscopie est un besoin croissant dans le domaine des sciences du vivant. L’objectif de cette UE est de donner aux étudiants les connaissances et les outils nécessaires au traitement des images depuis leur acquisition jusqu’à leur interprétation sous forme de données quantitatives. Le cours comprendra deux parties : 1- Traitement d’images (Généralités sur les images, Les images en noir et blanc et couleurs, Transformations utilisées en traitement d’image, Amélioration de l’image, Filtre spatial et fréquentiel, Transformations géométriques d’une image) ; 2- Analyse d’image (Segmentation : Binarisation, Filtrage de formes, Etiquetages en composantes connexes ; Extraction de mesures et paramétrisations : Morphométrie, Fluorométrie ; Automatisation de tâches d’analyse par programmation sous le logiciel ImageJ). Les travaux pratiques permettront aux étudiants de mener un projet expérimental de traitement et d’analyse d’image à partir des images acquises dans les autres UEs du master. A l’issu de cet enseignement, les étudiants seront capables de résoudre les problèmes d’identification d’objets et de quantification rencontrés avec les images de microscopie photonique et électronique.
