- Domaine : Licences du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
- Diplôme : Licence
- Mention : Sciences de la Vie
- Parcours : Physiologie
- Unité d'enseignement : Approches statistiques et bioinformatique du vivant
Nombre de crédits de l'UE : 6
Code APOGEE : BIO3001L
UE Optionnelle pour ce parcours
UE valable pour le semestre 6 de ce parcours
Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
18 h
Travaux Pratiques (TP)
27 h
Total du volume horaire
54 h
* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.
Conditions d'accès à l'UE :
UE recommandée : Biostatistiques et bioinformatique
Programme - Contenu de l'UE :
Ce module de 6 crédits est constitué de deux unités d'enseignement de 3 crédits chacune, l'une portant sur l'acquisition des outils statistiques de base en biologie et l'autre axée sur l'acquisition des outils bioinformatiques de base en génomique, protéomique et phylogénie moléculaire. Chacune des deux unités d'enseignement peut être suivie indépendamment. L'objectif du module de statistiques est de permettre à l'étudiant d'analyser des données expérimentales simples : * remise à niveau: principe des tests d'hypothèse * comparaison de moyennes, ANOVA 1, ANOVA 2 * corrélation, régression linéaire simple * tests non paramétriques correspondant aux situations ci-dessus * test de Chi-2 Les travaux dirigés seront consacrés au choix et à la mise en oeuvre de ces méthodes dans le cadre de la résolution de problèmes biologiques. Des travaux pratiques seront effectués sur machine en utilisant un logiciel de statistiques. Le programme pédagogique proposé en bioinformatique repose sur l'utilisation des logiciels les plus usités en génomique : recherche d'information dans les banques de séquences, techniques d'annotation de séquences (identification de gènes, identification de régions de régulation, recherche par similarité), utilisation de données d'expression. Phylogénie : notions fondamentales (familles multigéniques, orthologie / paralogie), comparaison des méthodes, reconstruction phylogénétique. Ce module de 6 crédits est constitué de deux unités d'enseignement de 3 crédits chacune, l'une portant sur l'acquisition des outils statistiques de base en biologie et l'autre axée sur l'acquisition des outils bioinformatiques de base en génomique, protéomique et phylogénie moléculaire. Chacune des deux unités d'enseignement peut être suivie indépendamment. L'objectif du module de statistiques est de permettre à l'étudiant d'analyser des données expérimentales simples : * remise à niveau: principe des tests d'hypothèse * comparaison de moyennes, ANOVA 1, ANOVA 2 * corrélation, régression linéaire simple * tests non paramétriques correspondant aux situations ci-dessus * test de Chi-2 Les travaux dirigés seront consacrés au choix et à la mise en oeuvre de ces méthodes dans le cadre de la résolution de problèmes biologiques. Des travaux pratiques seront effectués sur machine en utilisant un logiciel de statistiques. Le programme pédagogique proposé en bioinformatique repose sur l'utilisation des logiciels les plus usités en génomique : recherche d'information dans les banques de séquences, techniques d'annotation de séquences (identification de gènes, identification de régions de régulation, recherche par similarité), utilisation de données d'expression. Phylogénie : notions fondamentales (familles multigéniques, orthologie / paralogie), comparaison des méthodes, reconstruction phylogénétique.
Compétences acquises :
Méthodologiques :
Principes de l'échantillonnage et des tests d'hypothèses correspondant à différentes structures de données.
Techniques :
Pratique de l'analyse de données : choix de tests statistiques, pratique, interprétation ; manipulation d'un logiciel d'analyse de données. Mise en place d'une stratégie d'utilisation des outils bioinformatiques dans le cadre d'un problème biologique donné (choix des banques de données biologiques, choix des logiciels, choix des paramètres associés aux logiciels)
Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2020-2021:
| Type | | Libellé | Nature | Coef. | |
|---|
| CT | Contrôle Terminal | CT : Statistiques | Ecrit session 1 / Ecrit session 2 | 2.1 |
| CC | Contrôle Continu | CC : Statistiques Bioinformatique | Contrôle Continu | 2.4 |
| CT | Contrôle Terminal | CT : Bioinformatique | Ecrit session 1 / Ecrit session 2 | 1.5 |
Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Date de la dernière mise-à-jour : 04/07/2017
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