- Domaine : Licences du domaine SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTE
- Diplôme : Licence
- Mention : Sciences de la Vie
- Parcours : Biochimie
- Unité d'enseignement : Initiation à la bio-informatique structurale
Nombre de crédits de l'UE : 3
Code APOGEE : BCH3005L
UE Obligatoire pour ce parcours
UE valable pour le semestre 5 de ce parcours
Type d'enseignement
Nb heures *
Cours Magistraux (CM)
18 h
Travaux Pratiques (TP)
12 h
Total du volume horaire
30 h
* Ces horaires sont donnés à titre indicatif.
Conditions d'accès à l'UE :
Connaissance de la structure des protéines comme enseigné dans l'UE Biomolécules-B
Programme - Contenu de l'UE :
Introduction/Contexte
Banques de données
- Séquences (UniProtKB, SWISSPROT)
- Signatures
Comparaison de séquences
- Matrices de points
- Fasta
- Blast
Alignements de séquences
- Alignement 2 séquences par programmation dynamique (Global et local)
- Alignements multiples (Clustal, Muscle..)
Profil d'identité
- Site/signatures détection
- PROSITE
- Profils/Matrices
Profiles physico-chimiques
- Hydrophobie (8 échelles)
- Amphiphilie
- Accessibilité au solvant
- Flexibilité
- Antigenicité
Prédictions de structures secondaires
- Méthodes statistiques
- Méthodes de similarité
- Méthodes auto-optimisées
- Réseaux de neurones
Utlisation de RasMol
- TP N°1 Banques de séquences UniprotKB - Homologies de séquences - Alignements multiples - Identifications de sites fonctionnels
- TP N°2 Analyse de séquences - Visualisation et manipulation de structures 3D de protéines.Utilisation de Rasmol.
- TP N°3 Evaluation
Compétences acquises :
Méthodologiques :
Compétences en bioanalyse de séquences protéiques et en manipulations de structures 3D de protéines.
Techniques :
- Annotation de séquences de protéines.
- Design de peptides antigéniques
- Maitrise de RASMOL
Modalités de contrôle des connaissances et Compétences 2020-2021:
| Type | | Libellé | Nature | Coef. | |
|---|
| CT | Contrôle Terminal | CT : lnitiation Bio-Inform structurale | Ecrit session 1 / Ecrit session 2 | 2.1 |
| CT | Contrôle Terminal | CT : lnitiation Bio-Inform structurale | TP session 1 / Ecrit session 2 | 0.9 |
Liste des autres Parcours / Spécialité / Filière / Option utilisant cette UE :
Date de la dernière mise-à-jour : 04/07/2017
SELECT * FROM parcours INNER JOIN ue_parcours ON PAR_ID_FK=PAR_ID INNER JOIN mention ON MEN_ID = PAR_MENTION_FK WHERE PAR_ACTIVATE = 0 AND UE_ID_FK='3803' ORDER BY UE_ID_FK ASC, PAR_ID_FK ASC
