Organisation en 2 modules : 1/ Les bases fondamentales et méthodologiques Les principaux thèmes de l'enseignement : - Nature des agents transmissibles - Génomes des agents transmissibles - Virulence et Pathogénie - Epidémiologie des maladies transmissibles - Agents anti-infectieux et vaccinations - Lecture et rédaction scientifique 2/ Modèles physiopathologiques - Modèles physiopathologiques (staphylocoques, bactéries intracellulaires, grippe, virus neurotropes, rougeole, champignons, protozoaires, helminthes....) Nom Statut UFR de rattachement Enseignement dispensé Responsables de l'enseignement F.Vandenesch PU-PH Laennec Bactériologie-Virologie S. Picot PU-PH Grange-Blanche Parasitologie C. Chidiac PU-PH Laennec Maladies Infectieuses Enseignants O. Barsotti MCU-PH Odontologie Bactériologie-Virologie V. Brun Post-doctorante CEA Grenoble G. Carret MCU-PH Lyon Sud Bactériologie-Virologie G. Cordier DR INSERM G. Cozon MCU-PH Lyon Nord Immunologie Biologique F. Fenolar MCU-PH Marseille Bactériologie-Virologie T. Ferry Interne Lyon Maladies infectieuses J. Etienne PU-PH Lyon Nord Bactériologie-Virologie J. Freney PU Pharmacie Microbiologie Pharmaceutique F. Persat T. Greenland CR CNRS G. Lina MCU-PH Laennec Bactériologie-Virologie B. Lina PU-PH Grange-Blanche Bactériologie-Virologie J.J. Morrier MCU-PH Odontologie Bactériologie-Virologie G.Moneret PH Pharmacie Immunologie F. Peyron PU-PH Lyon Nord Parasitologie F.de Monbrison MCU-PH Laennec Parasitologie Ph Vanhems PU-PH Grange Blanche Santé publique F. Wild DR INSERM Exposé du programme détaillé de l'enseignement L'enseignement comprend un versant théorique et un versant pratique sous la forme d'un stage dans un laboratoire agrée. L'enseignement théorique se décompose en deux modules : un premier module de présentation de bases fondamentales et d'outils méthodologiques et un deuxième module d'exemples concrets de modèles physio pathologiques de maladies infectieuses. Le stage qui compte pour 6 ECTS (voir fiche « stage expérimental de recherche », a pour objectif principal l'initiation à la démarche expérimentale, aussi bien dans une perspective de recherche biologique que purement clinique. Dans ce sens, les terrains de stage incluent des laboratoires de recherche et un service clinique de maladies infectieuses. Module 1 : bases fondamentales et méthodologiques, 50 h environ à Nature des agents infectieux : 10-h Taxonomie et phylogénie des agents infectieux : 3h, J. Freney (PU) Structure et anatomie fonctionnelle des microorganismes procaryotes : 2h, G Carret (MCU-PH) Structure et réplication des virus : 2h, B. Lina (PU-PH) Champignons, protozoaires et helminthes : 2h, F. Peyron (PU-PH) à Génomes des agents infectieux: 10h Organisation et fluidité des génomes : Guy Perriere 5h (dont 2 de TD) Approche génomique des Interactions hote-microorganisme (3h) : Tim Greenland. à Virulence et Pathogénie : 9h Interactions hote-microorganisme - le versant de l'hôte: 3h, G. Cozon Interactions hote-microorganisme - le versant du microorganisme (facteurs d'adhésion et de colonisation, toxines, stratégies de subversion des défenses de l'hôte) : 3h, F. Vandenesch (PU-PH) Approches expérimentales d'étude de la virulence (méthodes génétiques et modèles animaux) : 3h, Virginie Brun à Epidémiologie des maladies infectieuses : 6h Analyse de données, surveillance et investigation d'épidémie, étude cas témoin : Ph Vanhems à Agents anti-infectieux et vaccinations : 8h Nature des agents anti-infectieux, mécanismes d'action et de résistance: 2 h, C. Chidiac (PU-PH) Nouvelles approches vaccinales : B.Verrier Immunomodulation : 2h, G. Cozon (MCU-PH) et C. Chidiac (PU-PH) à lecture et rédaction scientifique : 8h maitrise des outils de recherche bibliographique : 2h, F.Vandenesch Lecture, analyse critique et rédaction scientifiques : 6h, J. Etienne Module 2 : modèles physiopathologiques, 20H environ Colonisation : La plaque dentaire
Aborder les fondements des outils de bioévaluation et de leur utilisation effective dans les diagnostics
et manipuler les notions de bon état écologique, d'état de référence, de mesure d'écarts à la référence en oeuvre dans la DCE pour les milieux superficiels et souterrains (S. Dolédec, UMR 5023, UCB Lyon 1, T. Pelte, Agence de l'Eau Rhône Méditerranée, J. Semelet, SIVU Basse Vallée de l'Ain, 25
h).
2) Aborder les fondements des mesures de la biodiversité et de leur usage dans l'aide à la décision en matière de délimitation des zones de conservation prioritaires, d'analyse de viabilité des populations sauvages (P. Joly, UMR 5023, UCB Lyon 1, M. Chatelain, DIREN Rhône-Alpes, M. Coquillard, Conservatoire Régional des Espaces Naturels, 25 h).
3) Présenter les méthodes d'ingénierie écologique et les cadres techniques de leur mise en oeuvre pour la réhabilitation des conditions physiques d'habitat (géomorphologie fluviale, hydrologie des cou
